Tout le monde connaît le Commissaire Gordon, valeureux adversaire des plus dangereux criminels, un homme dont la réputation rime avec "loi" et "ordre". Mais que sait-on de son histoire, de son ascension, lui le simple rookie devenu commissaire principal ? Qu'est-ce que cela coûte de s'élever au sein d'une institution corrompue et qui gangrène une ville comme Gotham, terrain fertile des méchants les plus emblématiques ? Comment sont nées ces figures du crime, ces personnages hors du commun que sont Catwoman, le Pingouin, l'Homme-mystère, Double-Face et le Joker ?
"Gotham" va raconter les origines des plus grands méchants de DC Comics et de leurs adversaires, dévoilant un chapitre encore inédit. Supervisée par le producteur et scénariste Bruno Heller, la série suit l'envol d'un flic à travers les rues d'une ville dangereuse et corrompue, tutoyant le mal à l'état pur, et la naissance d'un des plus plus populaires super-héros de notre temps.
Ayant grandi dans la banlieue de Gotham, James Gordon a une vision idéalisée de la métropole, une excitante ville pleine de glamour, théâtre des exploits de son père, un ex procureur. Depuis deux semaines, le rookie Gordon parcourt les rues de Gotham, il est un homme heureux, fiancé à la belle Barbara Kean. Il vit son rêve, tentant de restaurer l'image idyllique de la ville qu'il imaginait étant petit.
Courageux, honnête et prêt à tout pour prouver sa valeur, le nouvel inspecteur a pour partenaire l'impétueux et rusé Harvey Bullock, une légende au sein du service. Le duo est en charge de l'affaire la plus médiatisée de la ville : le meurtre de Thomas et Martha Wayne, des milliardaires bien connus de la société de Gotham. Sur la scène du crime, Gordon fait la connaissance de l'unique survivant: le trop jeune orphelin Bruce, 12 ans, avec lequel Gordon sent une connection immédiate, un lien inexplicable. Emu par la peine immense du jeune garçon, Gordon se fait la promesse de trouver le tueur.
L'ascension de Gordon dans le système judiciaire, et ultra-politisé, de Gotham va l'amener à croiser la route de la mafieuse Fish Mooney ainsi que d'autres figures du comic, des personnages mémorables comme Selina Kyle, alias Catwoman et Oswald Cobblepot, plus connu sous le sobriquet du Pingouin.
Si ce drama suit l'ascension turbulente et singulière de Gordon, il va également raconter l'amitié improbable entre le jeune flic et l'héritier des Wayne, élevé par un imperturbable majordome du nom d'Alfred. Une amitié durable, qui jouera un rôle capital dans la destinée du jeune garçon, du justicier qu'il est amené à devenir.